分子生态学是生物学的一个分支，它利用多个与遗传学相关的特定领域的技术和知识来研究生态学以及生态因素如何影响遗传学和物种发展。这些研究的重点通常被认为是现场研究而不是纯粹的实验室研究。分子生态学家研究物种之间的发展和遗传关系以及环境因素如何影响它们。他们还利用通过遗传学研究获得的数据来量化物种的进化史和物种分化。
由于多种原因，分子生态学强调实地研究。其中最主要的是分子生态学本身围绕着生态和环境因素影响遗传学和物种发育的方式。另一个主要考虑因素是许多科目，特别是微生物，不容易用于实验室培养和研究。当然，分子生态学并不纯粹是一门野外学科，许多工作也是在实验室中完成的，但就像考古学一样，许多重要的工作现在并将继续在野外完成。
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