理论系统发生学关注的是从当今的分子数据(例如DNA)重建现存生物体过去的进化史的问题。人们对进一步发展计算系统发育方法基础的数学一直感兴趣。
理论系统发生学相关期刊 Journal of Phylogenesis & Evolutionary Biology, Journal of Proteomics & Bioinformatics, Molecular Systemss and phylogenesis, Current Advances in Molecular Phylogenesis, Evolutionary Bioinformatics, Journal of Evolution Equation, Arthropod Systematics & Phyloology, Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular和发育进化